Tartu Ülikooli teadlased jätkavad Eestis ringlevate koroonaviiruse tüvede uurimist

Tartu Ülikooli meditsiiniteadlaste projekti KoroGeno-EST uuel rahastusperioodil plaanitakse Eestis sekveneerida ja analüüsida kuni 6500 SARS-CoV-2 täisgenoomset järjestust. Loomisel on ka interaktiivne keskkond, mis hakkab kuvama KoroGeno-EST-3 olulisemaid tulemusi.

Tartu Ülikooli meditsiinilise mikrobioloogia ja viroloogia kaasprofessor, KoroGeno-EST-3 projekti juht Kristi Huik rääkis, et üldjoontes jätkub KoroGeno-EST-3 sarnaselt eelnevate projektidega, kuid on ka uuendusi – näiteks sarnaselt eelnevale perioodile hinnatakse kliiniliselt huvipakkuvate ning kriitilisi mutatsioone kandvate tüvede osakaalu nii Eesti-siseselt kui ka riiki toodud nakatunute hulgas.

„Nende tüvede hulka on seni kuulunud näiteks nn Inglise (B.1.1.7), LAV-i (B.1.351), Brasiilia (P.1) ja India (B.1.617.2) tüvi, kuid uusi tüvesid lisandub pidevalt. Nende varane avastamine ja dünaamika jälgimine on epideemia seisukohast väga oluline,“ rõhutas Huik. Koostöös Terviseametiga tehakse saadud andmeid kasutades ka nakkuskollete molekulaar-epidemioloogiline analüüs, mis pakub Terviseametile tuge nakkuskollete jälgimisel ja haldamisel.

Ühe uuendusena nimetab Huik loodavat interaktiivsete tööriistade kogumit, millega saab kuvada graafiliselt KoroGeno-EST-3 tulemuste erinevaid aspekte. „See tööriist koos sekveneerimise, pideva tüvede analüüsi ja ekspertide hinnangutega võimaldab Terviseametil ja teistel epideemiat ohjavatel isikutel ja asutustel olukorda vahetult jälgida ning on abiks kohaliku ja riikliku tegevuse planeerimisel,“ rääkis Huik.

Kaasprofessor tunnistas, et kui projekti alguses oli KoroGeno-EST teadlaste jaoks suur väljakutse, sest viiruse täisgenoomide analüüs ei olnud nende põhitöö, siis praeguseks on metoodika ja tööjaotus paremini paika saanud. „Kui hetkel on olemas kommertsiaalne sekveneerimise metoodika, siis projektide alguses tuli see meil endal välja töötada ja seda vajadust mööda pidevas muutumises hoida. Lisaks on KoroGeno-EST-i projektidega tegelemine tähendanud kõigi muude uuringute ja ülesannete tagaplaanile lükkamist või kõrvalejätmist,“ väljendas Huik soovi jätkata ka teiste uurimisteemadega.

SARS-CoV-2 nakkust põhjustanud viiruste täisgenoomide analüüsiga alustati Eestis 1. septembril 2020. Tartu Ülikooli bio- ja siirdemeditsiini instituudi ja tehnoloogiainstituudi teadlaste juhtimisel minnakse analüüsiga edasi projekti kolmandas jätku-uuringus KoroGeno-EST-3, mis vältab 31. detsembrini 2021.

KoroGeno-EST projektide meeskonda kuuluvad teadlased Tartu Ülikooli bio- ja siirdemeditsiini instituudist, tehnoloogiainstituudist, genoomika instituudist, arvutiteaduse instituudist, kliinilise meditsiini instituudist, ning spetsialistid SYNLAB Eestist ja Terviseametist.

Loe projekti ja senise uurimistöö tulemuste kohta lähemalt kliiniliste uuringute keskuse kodulehelt.

[[{"type":"media","view_mode":"media_large","fid":"2714284","attributes":{"alt":"","class":"media-image","typeof":"foaf:Image"}}]]