Eesti Farmakoloogia Selts asutati 14. septembril 1970. aastal eesmärgiga liita Eestis farmakoloogiaga tegelevaid inimesi. Seltsi esimesse juhatusse kuulusid esimees professor Georg Kingissepp, aseesimees vanemteadur Lembit Allikmets ja sekretär dotsent Leo Nurmand.
Oma tegevuses on Eesti Farmakoloogia Seltsi eesmärgiks olnud nõu andmine arstkonnale ja tervishoiuasutustele, farmakoloogia-alaste teadmiste levitamine ning erialane koostöö teiste sarnase tegevusega organisatsioonide ja nende liikmete vahel. Läbi ajaloo on Selts olnud järjekindel erinevate konverentside korraldamisel ja rahvusvaheliste suhete hoidmisel. Tänasel päeval on Eesti Farmakoloogia Selts nii IUPHARi kui Euroopa Kliinilise Farmakoloogia Seltsi liige. Lisaks laiale erialaringkonnale avatud üritustele on alates 1993. aastast toimunud ka Eesti Farmakoloogia Seltsi oma liikmete jaoks mõeldud kahepäevased talveseminarid.
Eesti Farmakoloogia Seltsi liige võib olla iga ülikooliharidusega füüsiline isik, kes tegutseb farmakoloogia, toksikoloogia või kliinilise farmakoloogia alal või omab vaieldamatuid teeneid Seltsi eesmärkide taotlemisel. Liikmeks astuda soovija peab esitama juhatusele kirjaliku avalduse koos vähemalt ühe liikme soovitusega ning liikmeks vastuvõtmise otsustab Seltsi üldkoosolek.