Anatoomia osakond viib läbi õppetööd kõikidel meditsiinihariduse tasemetel.
Inimese anatoomiat õpetatakse kohustusliku ainena arstiteaduse ja hambaarstiteaduse üliõpilastele 1. ja 2. semestril, proviisoriõppe, füsioteraapia ning kehalise kasvatuse ja spordi eriala üliõpilastele 1. semestril. Regionaalset ja kliinilist anatoomiat õpetatakse kohustusliku ainena hambaarstiteaduse üliõpilastele 6. semestril. Histoloogiat õpetatakse kohustusliku ainena arstiteaduse ja hambaarstiteaduse üliõpilastele 1. ja 2. semestril. Lisaks viib anatoomia osakond läbi erinevaid valikaineid nii põhi-, magistri- kui doktoriõppe üliõpilastele.
Täpsem informatsioon osakonnas õpetatavate ainete kohta on leitav TÜ õppeinfosüsteemis.
Anatoomia osakond osaleb ka Tartu Tamme Gümnaasiumi meditsiinisuuna õpilastele suunatud kursuste läbiviimisel.