Ahto Salumets, 2024, (juh) Hedi Peterson, Pärt Peterson. Bioinformatics analysis of various aspects in immunology (Immunoloogia erinevate tahkude bioinformaatiline analüüs). Tartu Ülikool, loodus- ja täppisteaduste valdkond.
Uku Haljasorg, 2017, (juh) Pärt Peterson, Martti Laan. Transcriptional mechanisms in thymic central tolerance (Tsentraalse tolerantsuse eest vastutavad transkriptsioonilised protsessid tüümuses). Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond.
Jaanika Kärner, 2016, (juh) Kai Kisand, Pärt Peterson. Cytokine-specific autoantibodies in AIRE deficiency (Tsütokiinide spetsiifilised autoantikehad AIRE puudulikkuse korral). Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond.
Astrid Murumägi, 2006, (juh) Pärt Peterson. Autoimmune Regulator Gene Promoter and Expression. Tampere ülikool, arstiteaduskond.
Jukka Pitkänen, 2005, (juh) Pärt Peterson. Characterisation of the Autoimmune Regulator (AIRE) Protein. Autoimmunity on a Molecular Level. Tampere ülikool, arstiteaduskond.
Ulla Aapola, 2004, (juh) Pärt Peterson. Characterisation and Functional Studies of the DNA Cytosine-5-Methyltransferase 3-like Gene. Tampere ülikool, arstiteaduskond.
Maarit Heino, 2001, (juh) Pärt Peterson. Identification of Autoimmune Regulator Gene, its Mutation Pattern in APECED Patients and Localisation of the Gene Expression. Tampere ülikool, arstiteaduskond.