Tartu Ülikooli teadlased astusid psoriaasi diagnoosimisel sammu edasi

Kroonilised põletikulised nahahaigused, näiteks psoriaas ja atoopiline dermatiit, võivad teatud juhtudel olla vaatluse põhjal väga sarnased ning see raskendab nende täpset diagnoosimist. Tartu Ülikooli teadlased uurisid koos Tartu Ülikooli Kliinikumi nahaarstidega uuenduslikku meetodit naastulise psoriaasi diagnoosimiseks. Teadustöö eesmärk oli viia edasi biomarkeritel põhineva diagnostika arendamist põletikuliste nahahaiguste valdkonnas.

Tartu Ülikooli meditsiiniteaduste valdkonna TransGeno töörühm koostöös Tartu Ülikooli Kliinikumi nahahaiguste kliiniku ja Tartu Ülikooli kliinilise meditsiini instituudi nahahaiguste kliinikuga avaldasid ajakirjas Acta Dermato-Venereologica teadusartikli, kus uuriti valitud geenide ekspressiooni mõõtmisel põhineva diagnostilise meetodi võimalikkust naastulise psoriaasi diagnoosimisel.

Uuring on uudne kahel moel. Ühelt poolt ei ole psoriaasi ega ka teiste krooniliste põletikuliste nahahaiguste kontekstis seni teadaolevaid biomarkerite kandidaate mitme patsiendirühma lõikes kontrollitud. Teisalt võtsid teadlased selles uuringus kasutusele geeniekspressiooni andmete transformeerimise meetodi, mis võimaldas neil ühistesse mudelitesse kaasata erisuguste tehniliste meetoditega saadud geeniekspressiooni andmeid.

Uuringu üks autoritest, Tartu Ülikooli kliinilise genoomika tuumiklabori spetsialist ja arstiteaduse doktorant Freddy Lättekivi kirjeldas, et ühtegi molekulaardiagnostilist meetodit naastulise psoriaasi täpseks diagnoosimiseks siiani kasutusele võetud ei ole. „Mitmeid biomarkerite kandidaate on küll leitud, kuid ühtegi neist ei ole suuremate patsiendirühmade peal kontrollitud,“ tõdes Lättekivi.

Nii uurisid teadlased, kui täpselt on võimalik naastulist psoriaasi teistest kroonilistest põletikulistest nahahaigustest eristada valitud geenide ekspressiooni või nende kombinatsioonide põhjal. „Kasutasime selleks nii avalikest geeniekspressiooni andmete kogudest pärinevaid varem avaldatud andmeid kui ka Tartu Ülikooli Kliinikumi nahahaiguste kliiniku 542 patsiendi naha bioptaatidest mõõdetud geeniekspressiooni andmeid,“ kirjeldas Lättekivi.

„Leidsime, et mitme geeni kombinatsioonil põhinevad klassifitseerivad mudelid annavad järjekindlalt täpsemaid tulemusi kui üksikute geenide ekspressioonil põhinev klassifitseerimine. Sellegipoolest ei olnud ükski katsetatud geenide kombinatsioonidest lõpuni täpne – parim tulemus oli 96,4%. Samuti leidsime, et eri patsiendirühmi iseloomustavad süstemaatilised erinevused geenide ekspressiooni mõõtmiste tulemustes, mis saab sellise mitmeid andmekogusid ühendava analüüsi puhul piiravaks,“ kirjeldas Lättekivi uuringu tulemusi.

Lättekivi sõnul aitab see teadustöö viia edasi biomarkeritel põhineva diagnostika arendamist krooniliste põletikuliste nahahaiguste valdkonnas. „Diagnostiliste biomarkerite väljaarendamine loob võimalused nende igapäevaseks kasutamiseks, mis lubaks keerulisematel juhtudel diagnoosida haigusi täpsemalt ja kiiremini,“ kinnitas ta.

TransGeno ERA Chair projekt on rahastatud Euroopa Liidu Horisont 2020 teaduse ja innovatsiooni raamprogrammist (lepingu number 6689889).