Mikrobioloogia osakonna teadustöö

Teadustöö põhifookus

• Vastsündinute infektsioonid: tekitajate virulentsusmarkerid, vastsündinu sepsise ravi ja vältimise skeemide optimeerimine; antibiootikumide farmakokineetika ja dünaamika ning modelleerimine, kliinilised uuringud
• HIV infektsioon Eestis: levimus populatsioonides, viiruse resistentsusmarkerid, viiruse ja peremeesorganismi omavahelised suhted, kaasuvad infektsioonid, HIV nakatumist mõjutavad inimese ja viiruse geneetilised faktorid
• Inimese mikrobioom sünnist surmani ja selle seos tervisega: mikroobikooslused seedetraktis, suguteedes, suus ja nahal; nende häired erinevate infektsioossete ja mitteinfektsioossete haiguste korral
• Biotehnoloogilised lahendused tervise mõjutamiseks: uute probiootikumide ja sünbiootikumide väljatöötamine laboratoorsetes ja kliinilistes katsetes
• Antibiootikum-resistentsus: resistentsuse levimus, resistentsuse teket mõjutavad faktorid, resistentsuse tekke ennetamine, antibiootikumide ratsionaalne kasutamine
• Vaktsiinvälditavate haiguste monitooring: epidemioloogilised muutused ajas, modelleerimine

Teadusgrandid

• Euroopa Komisjon: Biomeditsiini ja rahvatervise laborite ühtse epideemiavastase uurimisliidu loomine (professor Irja Lutsar, MMVBS23022, 01.02.2023–31.01.2027)
• Euroopa Komisjon Horizon2020: Ühtse tervise kontseptsiooni järgiva tõmbekeskuse loomine Eestis (professor Irja Lutsar, MMVBS23128R, 01.01.2023–31.12.2025)
• Terviseamet: Seroepidemioloogiline uuring (lektor Kai Truusalu, LMVBS24547, 01.11.2024-31.03.2027)
• Eesti Teadusagentuur: Toiduinnovatsiooni Tehnoloogiate Infrastruktuur (professor Reet Mändar, SMVBS25308, 01.01.2025-31.12.2029)
• Eesti Teadusagentuur: Viroomi roll mikrobioota välja kujunemises ja sepsise tekkes enneaegsetel vastsündinutel (kaasprofessor Kristi Huik, GMVBS25098PR, 01.01.2025-31.12.2029)
• Euroopa Komisjon: Naiste reproduktiivtervise potentsiaali parandamine: emakaga seotud kompleksuuringud (01.01.2026–31.12.2029)
• Eesti Teadusagentuur: Kõrge lisandväärtusega tervist edendavad vadakutooted (professor Reet Mändar, SMVBS24436YT, 01.01.2024–30.09.2028)
  

Praegune olulisim koostöö

Eestis – SA Tartu Ülikooli Kliinikumi erinevad asutused ja kliinikud (meestekliinik, naistekliinik, kirurgiakliinik, lastekliinik, nahahaiguste kliinik, sisekliinik, stomatoloogia kliinik, kõrvakliinik, ühendlabor, infektsiooni kontrolli teenistus), TÜ BSMI biokeemia osakond, TÜ ökoloogia ja maateaduste instituut, TÜ MRI, Eesti Geenivaramu, TÜ sotsiaal-teaduste valdkonna sotsiaalpoliitika õppetool, TÜ füüsika instituut, Tallinna Tehnikaülikool, Tallinna Ülikool, Ida-Tallinna Keskhaigla, Lääne-Tallinna Keskhaigla, Põhja Eesti Regionaalhaigla, Tervise Arengu Instituut, Eesti Maaülikool

Rahvusvaheliselt – Cargill Europe (Belgia); Probi AB (Rootsi); Turu Ülikool (Soome); Karolinska Institutet (Rootsi); Granada Ülikool (Hispaania); University Colleage of London, Great Ormond Street Hospital, London (Ühendkuningriik); Penta Foundation (Itaalia); c4c Network; BARN ja enilabAMR võrgustikku kuuluvad kliinikud paljudes Euroopa riikides rahvusvahelise ravimiresistentsuse uuringu raames

Ettevõtlus – Synlab Eesti OÜ, Tere AS, Tervisetehnoloogiate Arenduskeskus AS, BioCC OÜ, Toidu- ja Fermentatsioonitehnoloogia Arenduskeskus, Perfect Cosmetics OÜ, Andre Juustufarm OÜ

Andme- ja biomaterjali kogud

• Inimese Mikrobioota Biopank (HUMB)
• Eesti Elektrooniline Mikroobide andmeBaas
• HIV positiivsete isikute andmekogu ja biopank (E-HIV)

Viis olulisimat teadusartiklit viimasel viiel aastal

1. Molina NM, Canha-Gouveia A, Leonés-Baños I, Sola-Leyva A, Vargas E, Ruíz-Durán S, Tenorio CM, Clavero-Gilabert A, Mändar R, Altmäe S. The complementary seminovaginal microbiome in health and disease. Reprod Biomed Online. 2025 May;50(5):104707. doi: 10.1016/j.rbmo.2024.104707.
2. Mutli E, Mändar R, Koort K, Salumets A, Team EBR, Laisk T. Genome-wide association study in Estonia reveals importance of vaginal epithelium associated genes in case of recurrent vaginitis. J Reprod Immunol. 2024 Mar;162:104216. doi: 10.1016/j.jri.2024.104216.
3. Saar M, Vaikjärv R, Parm Ü, Kasenõmm P, Kõljalg S, Sepp E, Jaagura M, Salumets A, Štšepetova J, Mändar R. Unveiling the etiology of peritonsillar abscess using next generation sequencing. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2023 Nov 8;22(1):98. doi: 10.1186/s12941-023-00649-0.
4. Soeorg H, Päll T, Abroi A, Avi R, Sadikova O, Härma MA, Reisberg T, Lutsar I, Huik K. The effect of policy measures, school holidays and travel on the incidence of SARS-CoV-2 infection in children and adults in Estonia from 2021 to 2022. PLoS One. 2025 Jul 3;20(7):e0327719. doi: 10.1371/journal.pone.0327719. eCollection 2025. PMID: 40608757
5. Päll T, Abroi A, Avi R, Niglas H, Shablinskaja A, Pauskar M, Jõgeda EL, Soeorg H, Kallas E, Lahesaare A, Truusalu K, Hoidmets D, Sadikova O, Ratnik K, Sepp H, Dotsenko L, Epštein J, Suija H, Kaarna K, Smit S, Milani L, Metspalu M, Oopkaup OE, Koppel I, Jaaniso E, Kuzmin I, Inno H, Raudvere U, Härma MA, Naaber P, Reisberg T, Peterson H, Talas UG, Lutsar I, Huik K. SARS-CoV-2 clade dynamics and their associations with hospitalisations during the first two years of the COVID-19 pandemic. PLoS One. 2024 May 10;19(5):e0303176. doi: 10.1371/journal.pone.0303176. eCollection 2024. PMID: 38728305